Работает на кафедре детских болезней ПМГМУ им. И.М. Сеченова в должности профессора с 2004 г. В 1986-2004гг. работал в ГОУ ВПО Ивановская государственная медицинская академия в должности ассистента, доцента, профессора, заведующего кафедрой педиатрии и пульмонологии, декана ФППО. В 1987 г. защитил кандидатскую диссертацию «Особенности билирубинового обмена у новорожденных детей в зависимости от состояния здоровья матери». В 1997 г. защитил докторскую диссертацию « Клинико-функциональный и морфологический анализ изменений гемодинамики при рецидивирующем и хроническом течении бронхитов у детей».
Сфера научных интересов и клинической практики включает пульмонологию, педиатрию, организацию здравоохранения и качество медицинской помощи, аллергологию, профилактическую медицину, в том числе специфическую иммунопрофилактику.
Является автором более 170 научных и учебно-методических публикаций. Принимает активное участие в создании научно-практических программ и клинических рекомендаций: «Бронхиальная астма у детей: диагностика, лечение, профилактика», «Внебольничные пневмонии у детей», «Стандарты диагностики и лечения основных заболеваний детского возраста». Автор многочисленных устных и стендовых докладов на Всероссийских и международных симпозиумах и конгрессах.
Принимал участие в реализации следующих проектов на территории РФ:
«Реформирование системы обязательного медицинского страхования»
«Комплекс профилактических мероприятий, направленных на противодействие эпидемии ВИЧ/СПИДа в Российской Федерации в рамках «Приоритетного национального проекта в сфере здравоохранения» в 2006 г. по лоту № 3 «Мероприятия, направленные на профилактику передачи ВИЧ-инфекции от матери ребенку».
«Создание образовательной программы для подготовки специалистов по экспертизе качества МП в системе ОМС»
«Обеспечение специализированной медицинской помощью подростков, проживающих в условиях Крайнего Севера и прилегающих территорий» (в рамках Федеральной целевой программы «Дети России» на 2007 г)
Работы по комплексу профилактических мероприятий, направленных на противодействие эпидемии ВИЧ/СПИДа в Российской Федерации в рамках государственного контракта по «Приоритетному национальному проекту в сфере здравоохранения» в 2009 году по лоту «Мероприятия, направленные на профилактику передачи ВИЧ от матери ребенку». А.Б. Малахов является одним из организаторов создания и внедрения системы организации пульмонологической помощи детям Владимирской области.
Член межведомственного экспертного Совета по качеству медицинской помощи и защите прав застрахованных при Федеральном фонде ОМС, член Федерации педиатров стран СНГ, член межведомственного Совета по качеству медицинской помощи и защите прав застрахованных в системе ОМС при правительстве Ярославской области, Председатель Правления Московского отделения МОО «Педиатрическое респираторное общество», Заместитель. Председателя Правления Межрегиональной общественной организации «Педиатрическое респираторное общество», член Европейского респираторного общества, Российского респираторного общества, Московского общества детских врачей, эксперт качества медицинской помощи Ассоциации медицинских обществ по качеству РФ, медицинский эксперт программы ЖКХ Первого канала общероссийского телевидения.
