Малинникова Е.Ю. закончила в 1992 году медико-профилактический факультет Первого Московского медицинского института им. И.М. Сеченова. В дальнейшем получила квалификацию врача-гигиениста и эпидемиолога.
Елена Юрьевна защитила в 2014 году докторскую диссертацию на тему: «Клинико-эпидемиологические характеристики гепатита Е в Российской Федерации». В 2015 году присвоено звание доктора медицинских наук.
Елена Юрьевна является автором более 200 научных работ.
Сфера научно-практических интересов включает в себя: вирусные гепатиты, вирусные инфекции беременных, особо опасные инфекции, ВИЧ, биологическая безопасность.
