В 1988 г. окончила 1-й Московский медицинский институт им. И. М. Сеченова по специальности «Лечебное дело», поступила в клиническую ординатуру, затем в очную аспирантуру по специальности «Внутренние болезни. Гастроэнтерология» Учебно-научного центра Управления делами Президента РФ. Обучение в аспирантуре завершилось в 1996 году защитой кандидатской диссертации на тему «Исследование содержания и профиля низкомолекулярных метаболитов сахаролитической толстокишечной микрофлоры в норме и патологии».
Вся последующая деятельность М. Д. Ардатской связана с работой на кафедре гастроэнтерологии ФГБУ ДПО «Центральная государственная медицинская академия» УД Президента РФ.
В 2003 году защитила докторскую диссертацию на тему: «Клиническое значение короткоцепочечных жирных кислот при патологии желудочно-кишечного тракта».
Мария Дмитриевна является автором более 280 научных публикаций, из них 16 учебно-методических пособий, 2 монографии; имеет 9 патентов на изобретения.
Является разработчиком медицинской технологии «Способ определения короткоцепочечных жирных кислот (фракции С2‑С6 с изомерами) в различных биологических субстратах методом газожидкостной хроматографии».
