В 2002 году с отличием закончил факультет подготовки научно-педагогических кадров Московской медицинской академии им. И.М. Сеченова. После обучения в академии поступил в ординатуру по хирургии.
Прошел повышение квалификации и усовершенствование по лапароскопической хирургии, флебологии и бариатрии. После успешного завершения ординатуры поступил в аспирантуру по хирургии ММА им. И.М. Сеченова по теме «Колоректальная хирургия толстокишечной непроходимости».
В 2005 году получил стипендию Президента РФ В.В. Путина для обучения за границей для молодых ученых. Местом стажировки была выбрана ClevelandClinicFlorida в США. Под научным руководством ведущего колопроктолога США профессора Стивена Векснера (Prof. Steven Wexner) доктор Башанкаев прошел трехгодичную научно-клиническую стажировку, освоил полный спектр колоректальных операций, исследований аноректальной физиологии и приобрел большой опыт научно-исследовательской работы. Результатом данного обучения явилось получение звания International Clinical Colorectal Fellow (уникальное для российских колопроктологов), соавторство в 5 главах руководств по колоректальной хирургии США, более 10 публикации на иностранных языках в профильных журналах, общее количество, около 40 приглашенных лекций по колоректальной хирургии в различных странах, множество устных докладов и участий в постерных сессиях, более 10 видеопрезентаций на съездах колоректальных и общих хирургов США.
В 2009 году доктор Башанкаев занял первое место в международном конкурсе лапароскопических навыков и симуляторов SimendoOnlineWorldCompetition.
С 2014 года руководит Международной Школой Практической Хирургии, которая успешно провела 6 крупных образовательных мероприятия в Москве и регионах России.
Сферой особого интереса является лапароскопическая колоректальная хирургия, хирургия воспалительных заболеваний кишечника, дисфункции тазового дна, аноректальная физиология и патология, недержание кала, радикальное лечение эпителиального копчикового хода.
Доктор Башанкаев является признанным российским колопроктологом в Американском обществе колоректальных хирургов (American Society of Colonand Rectal Surgeons). Заместитель главы комитета по видеообразованию American Society of Colonand Rectal Surgeons, член комитета по Интернет-развитию American Society of Colon and Rectal Surgeons, член комитета молодых хирургов Eurasian Colorectal Technologies Association. Член Society of American Gastrointestinal and Endoscopic Surgeons, American College of Surgeons. Приглашенный лектор Европейского общества эндоскопической хирургии (European Society of Endoscopic Surgery).
