В 1981 году Алексей Анатольевич с отличием окончил лечебный факультет Челябинского государственного медицинского института.
В 1990 году защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Способ Г.И. Илизарова–Ф.Н. Зусмановича для реваскуляризации нижних конечностей при нереконструктабельных окклюзиях артерий голени и стопы».
В 1995 году присвоено звание доцента.
В 1996 году Алексей Анатольевич защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук на тему: «Современные аспекты диагностики и хирургического лечения окклюзионно-стенотических поражений ветвей дуги аорты».
В 1997 году присвоено звание профессора. С 2011 года заведует кафедрой хирургии факультета послевузовского и дополнительного профессионального образования ЮУГМУ.
Сфера научно-практических интересов: сердечно-сосудистая хирургия, эндоваскулярные методы диагностики и лечения, сосудистая хирургия в онкологии.
Под руководством А.А. Фокина защищены 27 кандидатских и 6 докторских диссертаций. Обладатель 24 патентов на изобретения и полезные модели.
А.А. Фокин - заслуженный врач Российской Федерации, действительный член РАЕН, РАМТН, ДАН. С 2005 года консул от России в правлении Европейского общества сосудистых хирургов.
Награжден Национальной премией имени Минина и Пожарского «Достойному гражданину - благодарная Россия», почетной грамотой Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации, почетной грамотой и трижды дипломами губернатора Челябинской области.
