Питер Малфертейнер изучал медицину в Университете Болоньи. После окончания университете работал в Больцано, Рочестер (Миннесота).
С 1993 по 1994 год являлся профессором Университете Бонна, с 1995 года – профессор и руководитель отделения гастроэнтерологии, гепатологии и инфекционных заболеваний Университета имени Отто фон Герике в Магдебурге.
Питер Малфертейнер является почетным профессором университетов Афин, Будапешта и Търгу Муреш.
Профессор Malfertheiner являлся президентом Европейской группы по изучению пилорического хеликобактера, президентом Европейской гастроэнтерологической федерации.
Сфера научных интересов: заболевания желудка, инфекция Helicobacterpyloriи патогенез рака желудка, механизмы воспалительных реакций - гастрит и панкреатит, патофизиология желудочно-кишечного тракта.
Автор 600 научных публикаций.