В 1983 году с отличием закончил Кыргызский Государственный Медицинский Институт (КГМИ). После окончания КГМИ с 1983 по 1985 годы проходил обучение в клинической ординатуре во Всесоюзном Кардиологическом Научном Центре (ВКНЦ) Академии Медицинских Наук (АМН) СССР в Москве.
В 1995 году успешно защитил докторскую диссертацию.
С 1997 года по настоящее время -- заведующий Кафедрой факультетской терапии имени М.Е. Вольского – М.М. Миррахимова Кыргызской государственной медицинской академии имени И. К. Ахунбаева.
В 2019-2022 годах, независимым рейтинговым агентством (Казахстан) профессор Миррахимов Э.М. назван лучшим преподавателем среди всех вузов Кыргызстана.