По окончании Смоленского медицинского института (1960—1966) В.Н. Прилепская работает врачом акушером-гинекологом в городе Узловая Тульской области (1966—1969), затем в столичном роддоме № 11 имени Клары Цеткин (1969—1973). Следующий этап профессионального роста Веры Николаевны связан с Городской клинической ординатурой в г. Москва (1973—1975).
В 1975—1977 годах В.Н. Прилепская — районный гинеколог-эндокринолог Ждановского района Москвы. На протяжении 1977—1987 годов Вера Николаевна сотрудничает с Московским областным научно-исследовательским институтом акушерства и гинекологии: врач, младший, старший научный сотрудник, руководитель научно-консультативного отделения.
С 1987 года по настоящее время В.Н. Прилепская — руководитель научно-поликлинического отделения Научного центра акушерства, гинекологии и перинатологии Российской академии медицинских наук. Возглавляемое Верой Николаевной отделение выполняет функцию лечебно-консультативного центра, который обслуживает в год более 50 000 больных с самой сложной акушерско-гинекологической патологией.
Основным направлением научно-практической деятельности отделения являются разработка и внедрение в клиническую практику новых методов контрацепции, изучение их роли в сохранении репродуктивного здоровья женщины, диагностика и лечение заболеваний шейки матки, влагалища и вульвы, молочных желез, гинекологических эндокринных заболеваний, инфекций, передаваемых половым путем.
По инициативе В.Н. Прилепской в отделении организованы и функционируют стационар дневного пребывания с операционной, где выполняются малые хирургические операции; Центр по диагностике и лечению патологии шейки матки, где внедрены новейшие методы диагностики и лечения (лазерокоагуляция, криодеструкция, радиоволновая хирургия); лечебно-информационный Центр по контрацепции, основной задачей которого является борьба с абортами и их осложнениями; Центр по экстренной контрацепции, где ежедневно оказывается бесплатная помощь в экстренных ситуациях, в том числе женщинам после сексуального насилия.
Научная деятельность В.Н. Прилепской посвящена различным аспектам контрацепции, гинекологической эндокринологии, планирования семьи, патологии шейки матки и заболеваний, передающихся половым путем. Ее кандидатская и докторская диссертации посвящены проблемам гинекологической эндокринологии. Докторской диссертации на тему “Вторичная аменорея. Клиника, диагностика и лечение” (1989) была присуждена 1-я премия “За лучшую диссертацию года”.
В.Н. Прилепская — основатель школы акушеров-гинекологов. Ученики В.Н. Прилепской работают ведущими специалистами в департаментах здравоохранения, заведуют кафедрами акушерства и гинекологии в различных регионах России и вносят значительный вклад в развитие акушерско-гинекологической службы страны.
В.Н. Прилепская — автор 426 научных работ, автор и соавтор 12 книг.
Под ее руководством и при ее консультации защищены 5 докторских и 33 кандидатских диссертации.
Президент Российского общества по контрацепции (с 1993 г.), президент Международной общественной организации “Ассоциация по патологии шейки матки и кольпоскопии” (с 1997 г.), председатель комиссии по акушерству и гинекологии и член Фармакологического комитета Минздрава РФ, член президиума Российской ассоциации по планированию семьи, член Ассоциации гинекологов-эндокринологов, почетный член Венгерской ассоциации акушеров и гинекологов, член правления директоров Европейского общества по контрацепции, Российско-американского женского консорциума.
Главный редактор журналов “Контрацепция и здоровье женщины”, “Гинекология”, “Патология шейки матки и генитальные инфекции”, член редколлегии журналов “Акушерство и гинекология”, “Планирование семьи”, “Проблемы репродукции”, “Остеопороз и остеопения”, член редколлегии 3 международных журналов.
В.Н. Прилепская — Заслуженный деятель науки Российской Федерации (1999). Награждена медалями, другими знаками отличия.