В 1976 году окончил лечебный факультет Московского государственного медицинского института им. Н.И. Пирогова по специальности.
В 2009 году защитил докторскую диссертацию на тему: «Организация системы контроля качества современных серологических исследований для диагностики сифилиса».
Основные направления научной деятельности: экспериментальная апробация на лабораторных животных новых методов лечения больных сифилисом, разработка и совершенствование методов лабораторной диагностики сифилиса, а также наиболее распространенных дерматозов, разработка инновационных методов диагностики ИППП; улучшение качества и стандартизация диагностических исследований; разработка методов внутрилабораторного и внешнего контроля качества лабораторных исследований, поиск молекулярных маркеров генетического риска развития осложненного течения при дерматозах и ИППП; поиск молекулярных мишеней для новых методов антицитокиновой терапии дерматозов; разработка методов и подходов к персонализации терапии дерматозов.
С.В. Ротановым подготовлено более 350 публикаций. является соавтором 8 патентов на изобретения и полезные модели.