С 1985 г.- 1993 г. Алла Всеволодовна работала во Всесоюзном научно-исследовательском институте антибиотиков и ферментов медицинского назначения. Во время работы в институте защитила диссертацию на соискание степени кандидата медицинских наук. Тема диссертации была посвящена метаболизму Streptomyces antibioticus в условиях повышенного антибиотикообразования. На базе института Алла Всеволодовна изучала вопросы физиологии микроорганизмов и занималась культивированием продуцентов биологически активных веществ.
В 1993 г. Алла Всеволодовна приступила к работе в Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова на кафедру военно-медицинского снабжения и фармации. На кафедре защитила докторскую диссертацию на тему «Фармакоэкономический анализ в организации лекарственного обеспечения Вооруженных Сил России».
С 2009 г.-2010 г. работала в Санкт-Петербургской химико-фармацевтической академии в должности профессора кафедры управления и экономики фармации.
Затем профессор Рудакова А.В. была назначена старшим научным сотрудником отдела организации медицинской помощи НИИ детских инфекций, Санкт-Петербург.
Алла Всеволодовна ведёт активную научно исследовательского деятельность , среди ее научных трудов около 200 статей и 3 монографии.
