Сергей Васильевич возглавляет Областной кардиологический диспансер, созданный в рамках ГБУЗ Тюменской области «Областная клиническая больница № 1», являющейся клинической базой кафедры кардиологии ФПК и ППС.
Профессор С. В. Шалаев – автор более 470 научных работ, 4-х изобретений в области кардиологии, соавтор четырех монографий, автор монографии «Острые коронарные синдромы. Избранные вопросы диагностики и лечения», соавтор 1 учебника «Терапия», соавтор четырех руководств и пособий для врачей по кардиологии. При научном руководстве проф. С. В. Шалаева защищено 8 докторских и 58 кандидатских диссертаций по кардиологии.
С.В. Шалаев является членом комитета экспертов Российского кардиологического общества по разработке национальных рекомендаций по лечению острых коронарных синдромов, инфаркта миокарда, дислипидемий, артериальной гипертонии, острой сердечной недостаточности. Член редакционных коллегий (советов) журналов «Кардиология», «Фарматека», «Национальная фармакотерапия в кардиологии», «Клиническая нефрология», «Атеротромбоз», «Атеросклероз и дислипидемии», «Уральский медицинский журнал», «Медицинская наука и образование Урала», «Уральский кардиологический журнал».