Окончила 1 Ленинградский медицинский институт имени акад. И. П. Павлова в 1982 году. В 1988 г. защитила кандидатскую диссертацию, в 1998 г. — докторскую диссертацию «Клинико-морфологические аспекты хронических вирусных гепатитов».
Имеет сертификат интернатуры Венского медицинского университета по специальности «Инфекционные болезни», является автором более 140 печатных трудов. В 2010 году Елене Владимировне присвоено звание профессора по специальности «Инфекционные болезни». Под руководством проф. Е. В. Эсауленко защищено 7 кандидатских диссертаций. Имеет сертификат GCP.
