В 1979 году закончила лечебный факультет Томского медицинского института по специальности «лечебное дело». В 1989 г. А.А. Гарганеева защитила кандидатскую диссертацию на тему «Перестройка микроциркуляции, внутрисердечной и легочной гемодинамики в процессе реабилитации больных инфарктом миокарда». В 1999 г. защитила докторскую диссертацию на тему «Микроциркуляция и транскапиллярный обмен кислорода у больных, перенесших инфаркт миокарда и коронарное шунтирование». В 2001 году А. А. Гарганеевой присвоено ученое звание профессора по специальности «кардиология».
Основные направления научных исследований Гарганеевой А.А. связаны с диагностикой, разработкой инновационных технологий лечения и эффективной профилактики патологии миокарда, включая кардиомиопатии, болезни накопления, воспалительные заболевания, ишемическую кардиомиопатию. Участвует в выполнении фундаментально-прикладных исследований по изучению нейрогормональных, молекулярно-генетических и иммуно-метаболических механизмов развития хронической сердечной недостаточности. Под ее руководством защищено 11 кандидатских и 1 докторская диссертации.
Является членом Российского и Европейского кардиологических обществ, членом Правления Общества специалистов по сердечной недостаточности, председателем Секции Общероссийской общественной организации «Российское общество кардиосоматической реабилитации и вторичной профилактики».
Является автором более 540 научных работ, в том числе, четырех монографий в соавторстве и пяти глав в монографиях, имеет 10 патентов на изобретения и 3 свидетельства о государственной регистрации баз данных.