Сфера научных интересов: функциональные заболевания желудочно-кишечного тракта, неалкогольная жировая болезнь печени, билиарная и панкреатическая недостаточность.
Шатихин А.И. – автор популярной книги «Практическая гастроэнтерология», автор более 200 научных трудов, организатор и постоянный участник научно-практических симпозиумов, посвященных вкладу отечественных ученых в развитие гастроэнтерологии и кардиологии в рамках Российского Конгресса «Человек и лекарство», Практическая гастроэнтерология»,съездов гастроэнтерологов России.
Андреем Ионовичем подготовлены 10 кандидатов и докторов медицинских наук.