Yehuda Shoenfeld работает в Sheba Medical Center и на медицинском факультете Университете Тель-Авива.
В 1972 году окончил Hadassa Medical School (Иерусалим), в 1972 году защитил диссертацию по нарушению остеогенеза. В 1978 году получил диплом специалиста по внутренним болезням. В дальнейшем продолжил постуниверситетское образование в медицинской школе Тель-Авива в отделении гематологии, иммунологии.
В 1979 году проходил научные стажировки в City of Hope (Калифорния) в отделении гематологии и онкологии.
С 1985 года являлся руководителем отделения клинической иммунологии и аллергологии в Soroka Medical Center (Израиль).
В дальнейшем посвятил многие годы изучению аутоиммунных заболеваний. С 2011 года являлся руководителем Zabludowicz Center for Autoimmune Diseases (Тель-Авив).
Сфера научных интересов: моноклональная гаммапатия, изучение антител у пациентов с системной красной волчанкой, клиническая онкология, IgA иммунодефицит, интерлейкины, вакцинация у пациентов с иммунодефицитом.