Доктор медицинских наук (с 1996 г.), профессор (с 2004 г.), академик Российской академии медицинских наук по специальности "эндокринология" (с 2016 г.), заместитель директора ФГБУ Эндокринологический научный центр (ЭНЦ) МЗСР России по научной работе, директор института Диабета ФГБУ ЭНЦ (с 2007 г.), заведующая кафедрой эндокринологии и диабетологии педиатрического факультета Первого Московского Государственного Медицинского Университета (МГМУ) им. И.М. Сеченова (с 2004 г.), заслуженный деятель науки (с 2014 года).
Мариной Владимировной опубликовано более 500 научных работ, в том числе 9 монографий, 32 методических пособия, 52 публикации в международных журналах.
Под руководством профессора Шестаковой М.В. защищено 30 кандидатских и 5 докторских диссертаций по различным вопросам современной диабетологии.
В 2012 году профессору Шестоковой М.В. и коллективу соавторов была присуждена Премия Правительства Российской Федерации в области науки и техники за выполнение работы "Создание и внедрение в практику здравоохранения Российской Федерации системы современных технологий диагностики, лечения и профилактики сахарного диабета"
Марина Владимировна является Ученым секретарем общественной организации Российская ассоциация эндокринологов (РАЭ), членом Европейского общества по изучению сахарного диабета (EASD), Американской диабетической ассоциации (ADA), Международной Диабетической Федерации (IDF), национальным координатором ряда между-народных исследований в области сахарного диабета.