Интегративный анализ молекулярных сигнатур легких выявил ключевые факторы интерстициальной болезни легких, ассоциированной с системным склерозом

Цель: Исследовать молчащие молекулярные и клеточные сигнатуры в сравнении с сигнатурами, относящимися к заболеваниям легких, и определиться ключевые драйверные гены и целевые молекулы путем моделирования интерстициальной болезни легких, ассоциированной с системным склерозом (ИБЛ-СС).
Дизайн: Ретроспективное исследование.
Методы: Транскриптомные баз образцов легочной ткани, полученных от пациентов с ИБЛ-СС (n=52), идиопатическим фиброзом легких (ИФЛ) (n=549), неспецифической интерстициальной пневмонией (n=49) легочной гипертензией (n=81) и здоровых участников контрольной группы (n=331) подвергались фильтрации дифференциально экспрессируемых генов, анализу функционального обогащения сигнальных путей, сетевому анализу ключевых драйверов и дерному диффузионному подсчету. У пациентов с ИБЛ-СС также оценивался связь клинических показателей с результатами анализа обогащения сигнальных путей.
Результаты: ИБЛ-СС разделяет ключевые пути патогенеза с другими фиброзирующими легочными заболеваниями, однако данная патология имеет некоторые отличительные особенности. ИБЛ-СС продемонстрировал сходство с ИФЛ на уровне молекулярных и клеточных сигнатур, однако имел более сильное воздействие на фибробласты, которые при данной патологии находились в дефектном, но устойчивом к апоптозу состоянии. Сигнальный путь p53 оказался самым выраженным в легочной ткани и легочных фибробластах при ИБЛ-СС и в значительной степени коррелировал с диффузионной способностью легких по монооксиду углерода, клеточным старением и уровнем апоптоза. При моделировании заболевания были выявлены ключевые регуляторные гены с высокой степенью диффузии: EEF2, EFF2K, PHKG2, VCAM1, PRKACB, ITGA4, CDK1, CDK2, FN1 и HDAC1.
Выводы: Проведенный интегративный транскриптомный анализ образцов легочной ткани выявил ключевые сигнатуры при ИБЛ-СС. Анализ методом Байесовских сетей позволил выявить ключевые регуляторные гены и молекулярные мишени, которые в дальнейшем могут быть полезны при лечении ИБЛ-СС.

Источник: https://ard.bmj.com/content/early/2021/08/10/annrheumdis-2021-220493